22 июня 1941 года начинается Великая Отечественная война, а уже 10 июля 1941 года Новгород подвергается мощной бомбардировке немецкой авиации.
Захвату Новгорода немцы уделяли огромное внимание, так как он стоял на пути к городу Ленинграду, являвшемуся их главной целью. На этом пути были сосредоточены большие военные силы немцев: дивизия СС «Мертвая голова», 56-й мехкорпус Манштейна, авиакорпус Рихтгофена. Силы были неравными, и 19 августа 1941 года наши войска оставили Новгород, организовав оборону на берегах реки Малый Волховец. В таком положении фронт простоит 17 месяцев. Впереди была долгая оккупация. За этот период немцы практически полностью уничтожили весь город, включая знаменитые памятники древней архитектуры.
Новгород и оккупированная новгородская земля в скором времени обезлюдели, т.к. в декабре 1942 года большая часть населения Новгорода была эвакуирована, а в ноябре 1943 года все трудоспособное население Новгорода и оккупированных районов в количестве 166 тыс. человек было отправлено в Германию и Прибалтику на принудительные работы.
20 января 1944 года был освобожден Новгород. Оккупация города длилась с 15 августа 1941 года. 883 дня оккупации, в течение которой город был полностью разрушен. "Война нанесла огромный и во многом непоправимый ущерб как памятникам самого города, так и его окрестностей. Из новгородского музея, который не был своевременно эвакуирован полностью, были расхищены ценнейшие коллекции по археологии, истории и искусству. Было разрушено практически всё городское хозяйство и промышленные предприятия, превращены в развалины всемирно известные памятники новгородского зодчества. Материальный ущерб, причинённый Новгороду, согласно сообщению Чрезвычайной комиссии о злодеяниях фашистских захватчиков, составил свыше 11 млрд рублей.